Later trekt hij onder bevel van Frederik Hendrik, de ‘stedendwinger’, op tegen de Spanjaarden in de Tachtigjarige Oorlog. Johan Maurits presteert jarenlang goed in het leger. Wanneer in 1636 de West-Indische Compagnie (WIC) een nieuwe gouverneur-generaal zoekt voor de Nederlandse kolonie in Brazilië wordt Johan Maurits op voorspraak van zijn neef stadhouder Frederik Hendrik voor de functie voorgedragen. De Staten-Generaal gaat akkoord met zijn benoeming en Johan Maurits vertrekt naar Nederlands-Brazilië om de kolonie aan te sturen en te verdedigen tegen de aanvallen van de Portugezen.
Hier wordt hij tot op de dag van vandaag geroemd en geprezen omdat hij orde op zaken stelde, al heeft hij met behulp van de West-Indische Compagnie ook de slavenhandel voor dit doel en zijn persoonlijke gewin ingezet. Acht jaar later keert hij terug naar de Republiek. Al snel werd hij benoemd tot stadhouder van Kleef.
